卫生部应急办公室主任梁万年12月1日指出，目前全国共报告4例接种甲型H1N1流感疫苗后的死亡病例。经过调查和尸检，3例已证实与疫苗接种无关，为偶合死亡，另外1例的死因尚未有最终调查结果。目前，绝大部分的不良反应主要是局部的红肿，以及一般性的发热。国家食品药品监督管理局新闻发言人颜江瑛表示:“目前从疫苗的安全性有效性来看，都是可靠的。”

据卫生部通报，11月23日—11月29日，境内31个省份报告甲型H1N1流感确诊病例12500例，住院治疗3765例，死亡74人，甲型H1N1流感病例占流感病例的比例为91.0%。截至11月29日，国家食品药品监督管理局累计完成甲流疫苗批签发313批次约5600万人份；全国累计完成疫苗接种2625万人。

另据世界卫生组织（WHO）通报，截至11月19日，WHO收到了40个大规模接种甲型H1N1流感疫苗国家中的16个国家的接种信息。根据这些信息，WHO估计已分发8000万剂疫苗，大约6500万人已接种疫苗。WHO表示，到目前为止的安全性结果是令人振奋的。

据悉，甲流疫苗预期的副作用与季节性流感疫苗的副作用相似，最常见的是注射部位疼痛，另外还包括低烧、躯体疼痛以及接种后数天内疲劳等。