其实乙肝病毒本身并不致病，它对肝细胞损伤主要是由机体的免疫系统清除反应引起的。乙肝病毒感染机体后，侵入到肝细胞内，致使肝细胞的某些结构发生变化。激发机体对自身的肝细胞产生免疫反应，便会引起会细胞损伤。在严重的肝损害病例中，机体免疫系统甚至将没有被HBV侵犯的肝细胞也一同杀死。

所以乙肝病毒最常见的是导致肝脏的损害，表现为慢性肝炎长期不愈，影响患者的生活质量，甚至影响工作。少数患者可发展为重症肝炎，危及生命。

其次，慢性乙肝病毒感染是我国肝硬化和肝癌发病的主要病因，而肝硬化和肝癌是导致死亡的主要原因之一。

另外，长期的慢性乙肝病毒感染状态使很多患者在升学、就业及参军入伍等方面多次失去机会，给患者造成了巨大的心理压力，容易引起心理疾病。