(1)AIH(自身免疫性肝病)的发病原因尚未完全阐明，可能是诱发因素、自身抗原、遗传易感性和免疫调节等复杂相互作用的结果。现有的间接证据提示：①AIH具有潜在的遗传易感背景;②AIH可能与多种控制自身反应的免疫调控缺陷有关;③在易感个体中AIH的发生可能需要一个诱发因素，如嗜肝病毒感染，或对药物和其他肝毒性物质的特异性反应等;④组织损伤的最终效应机制可能涉及自身抗体与表达于肝细胞表面的肝特异性抗原的反应(ADCC)，而T细胞对肝细胞的直接细胞毒作用显得较为次要。

(2)PBC(原发性胆汁性肝硬化)确切发病机制仍不清楚，但认为胆管损伤是免疫学障碍所致，现已了解主要组织相容复合物(MHC)的易感基因与本病的发病有关。很多的研究提示和感染有关，包括一些肠道的感染，分支杆菌的感染及支原体的感染等。

(3)PSC(肺瘢痕癌【译】瘢痕疙瘩是皮肤损伤愈合过程中，胶原合成代谢机能失去正常的约束控制，持续处于亢进状态，以致胶原纤维过度增生的结果，又称为结缔组织增生症，在中医上称为蟹足肿或巨痕症，它表现为隆出正常皮肤，形状不一，色红质硬的良性肿块。)是一种病因不明的，以肝内或肝外胆管炎症、纤维化为特征的慢性胆汁瘀积性肝病，最终发展为肝硬化。目前认为，该病可能主要与免疫和遗传因素有关，组织相容HLA-B8可能是重要原因。

自身免疫性肝病中的很多个病症都还不能完全阐释清楚病因，尽管如此，患者在发现自己的身体不适时也一定要尽快就医。