肝癌家族聚集现象非常明显，兄弟姐妹或父母与子女两代人中先后出现肝癌患者的事例并不少见，现已证实肝癌与遗传基因有一定相关性，人体肝组织中P53基因发生突变是引起肝癌的始动因素之一，但是肝癌并非单基因遗传病，而符合多基因遗传病特征，即多因素、多步骤、多基因、多突变，肝癌不是单一因素引起的，而是包括环境和遗传两大因素，它们之间相互依存，共同作用，导致正常肝细胞转化。

我国肝癌患者绝大多数都是慢性病毒性肝炎(乙肝或丙肝)发展而来，肝癌主要病因是肝炎病毒，肝癌患者检测乙肝或丙肝病毒血清学指标，阳性率高达80％以上，发展中国家以慢性乙肝病毒感染为主，而发达国家则以丙肝病毒感染为主。我国乙肝患者多系父婴或母婴垂直传播而来，乙肝病毒DNA与肝细胞发生多处整合，肝细胞长期处于被病毒攻击和损害状况，原癌基因很有可能被激活，使细胞遗传稳定性遭到破坏，同时这些患者对于周围致癌因素非常敏感。

大量流行病学调查表明饮水污染、酗酒、亚硝胺、避孕药、微量元素缺乏(主要是低硒)黄曲霉菌等是促使乙肝或丙肝向肝癌演变的辅助因素。

肝癌通常都要经历肝炎——肝硬化——肝癌这样一个演变过程，这个“三步曲”反映了肝炎发展的特点，但并非每一个肝炎患者都会按照“三步曲”的模式发展，绝大多数肝炎患者都会稳定在病毒携带或迁延性肝炎阶段，只有少数患者向肝硬化、肝癌方向转变，转变的因素取决于病毒基因亚型和变异、遗传基因(肝癌启动因子的激活)、人体免疫功能紊乱，同时长期受到外界环境不良因素的干扰，如酗酒、化学致癌物质、微量元素缺乏等，因此不能简单地将肝癌划归为遗传疾病，只能认为肝癌发生与遗传因素有一定关联，就像糖尿病、高血压、冠心病等都属于与遗传因素有关联的疾病。